昭和28年、50年　A５判　P581、469
第一部：函ヤケ大、汚れ、背少破れ、天地テープ剥がし跡大　本体背少ヤケ　天地小口時代シミ　両見返ヤケ、テープ剥がし跡　P266〜271上端シミ汚れ
第二部：函ヤケ、汚れ　本体ビニールカバー付　天少シミ汚れ

安土・桃山から明治時代までのキリシタンの歴史について著者が手がけた研究を集成。
第一部刊行当時は地域別に続刊の予定だったが頓挫し、20数年を経て刊行された論攷篇が第二部と位置づけられた。

“……筆者は昭和二十八年に「キリシタン研究、第一部、四国篇」と題する一書を創元社から出版した。当時は第二部、近畿篇、第三部、九州篇というように順次刊行するつもりであり、事実第二部も一先ず脱稿したのであるが、「南蛮史料の研究」を出したために地域別の書を刊行する計画を変更するの余儀なきに至った。その無計画さについては自ら紐怩たるを覚える。ともかく「第一部」と称するものを出版しているので今回の論集を「第二部」と名付けたが、その他の理由として、前書において織部灯籠に関し不明確且つ無責任とも評されてよい記事を掲げたので、本書で十分究明する必要が生じたことを挙げたい。……”（第二部巻頭「序」より）

【第一部　四国篇】
新村出博士序
自序

第一篇　安土・桃山時代
　第一章　イエズス会士の瀬戸内海往来
　第二章　小豆島とキリシタン
　第三章　初期のキリシタン
　　一、伊豫
　　二、讚岐
　　三、阿波　｛篠原長房―竹田市太夫―パウロ三木｝
　　四、土佐　｛一条兼定―一条内政―明石掃部｝

第二篇　慶長以降の宣教】
　徳川時代四国統治の概要
　第一章 サン・フェリペ号事件
　　一、欧文献　｛ラウレス師論文／シュッテ師論文｝
　　二、邦文献
　　三、結論
　第二章　慶長年間の伝道
　第三章　元和年間の伝道
　第四章　寛永年間の伝道
　第五章　殉教者、宣教師

第三篇　宗門残徒根絶時代
　第一章　宗門改と類族
　　一、転びキリシタン
　　二、桑名一族　｛山内家文書御国耶蘇集｝
　　三、キリシタン類族
　　四、改心誓詞
　　五、寺請証文
　　六、訴人奨励（切支丹制札）
　　七、キリシタン関係諸法度
　　八、宗門改
　　九、キリシタン関係文書

第四篇　遺物・伝承
　第一章　キリシタン燈籠
　第二章　遺物・伝承

第五篇　浦上キリシタン
　　一、阿波藩史料
　　二、高知藩史料

附録
　（一）明治以後の宣教
　（二）讚岐松平藩切支丹宗徒人名録
四国キリシタン史年表
引用参考文献
索引　｛人名索引／地名・事項索引｝

【第二部　論攷篇】
序

【前篇】
第一章　南蛮の語句について
第二章　キリシタンの衰退と消滅
　緒言
　第一節　布教と迫害（一六四○年まで）
　第二節　検索と殲滅（一六五八年まで）
　第三節　類族と変容（一六五八年以降）

第三章　キリシタン宗門と十字の記号
　緒言
　第一節　十字架
　第二節　十字の記号とキリシタン
　第三節　十字の紋章
　　（一）沼田頼輔博士の十字紋章説
　　（二）沼田説への反論
　第四節　謬説の展開
　第五節　所謂南蛮美術品における十字
　第六節　肥前・大村地方の十字

第四章　織部灯籠とキリシタン宗門
　緒言
　第一節　織部灯籠問題の発端
　第二節　キリシタン灯籠説の展開
　第三節　研究の対象となる石造物
　第四節　キリシタン無関係説
　第五節　キリシタン灯籠説への反論
　第六節　織部灯籠の再検討
　　（一）在銘の石造物
　　（二）古文書・古文献
　第七節　織部灯籠の実体
　　（一）形態
　　（二）竿石の記号
　　（三）庚申信仰との関係
　　（四）天神信仰との関係
結論

【後篇】
第一章　大内義長の大道寺裁許状について
　緒言
　第一節　大道寺論争
　第二節　大内義長の裁許状及び山口古図
　第三節　山口のキリシタン教会
　第四節　再検討と結論

第二章　サン・フェリーペ号事件再考
　緒言
　第一節　航海長の発言をめぐる論争
　第二節　積荷没収は日本の習慣に基づくか
　第三節　サン・フェリーペ号関係日本史料、文献
　第四節　サン・フェリーペ号積荷没収の時間的経過
　第五節　太閤秀吉の動静
　第六節　イエズス会員の責任問題
　第七節　日本二十六聖人事件との関係

第三章　慶長遣欧使節の史料について
　緒 言
　第一節　慶長遣欧使節の史料について
　第二節　シピオーネ・アマチの「使節記」

第四章　四国キリシタン史補遺
第五章　在欧日本文古文書三通
第六章　シドッティの屋久島潜入について
　第一節　史料
　第二節　日本史料による潜入事情
　第三節　海外史料による潜入事情
　第四節　現地調査と補遺

第七章　長崎家文書、並びに長崎甚左衛門一族
　第一節　長崎氏系図
　第二節　新出「長崎家文書」
　第三節　甚左衛門純景をめぐって

第八章　新出図巻「寛永十五年島原之乱図」